20世纪90年代的大部分岁月，已经步入耄耋之年的马三立依然保持着健旺的活力。
1992年11月12日，中国曲艺家协会等单位在天津举办“庆祝马三立从事相声艺术65周年”活动；一周后，“马三立杯”业余相声邀请赛揭幕，马三立担任顾问，这是相声界第一次也是迄今为止唯一的一次以艺术家名字冠名的全国性赛事。如果说很长一个时期，相声艺术是马三立和侯宝林两位大师双峰并立，各领风骚，那么,一年以后随着小马三立4岁的侯宝林的病逝，就再也没有人能与他比肩了。一向低调的马三立，被内外行一致尊为相声艺术的一面旗帜。
也是在1992年，后期为马三立捧哏的合作者王凤山也去世了。风格独特、技艺炉火纯青的大师级演员，能够找到一位功力相当、与之配合默契的搭档是非常不容易的，况且老来插科打诨，还有年龄匹配的因素。有评论称“马、王二位合作配合默契、精逗严捧、人艺合一，他们合作表演的每一段相声都是传世经典。”痛失臂膀，马三立的痛心、惋惜可想而知。
但那时的马三立没有多少闲余伤感，相声、观众都需要他。王凤山逝后，他就只说单口的小段节目了，这一来倒另辟蹊径，开拓了又一艺术天地，随着《家传秘方》《八十一层楼》《讲卫生》《练气功》《卖鱼》《内部电影》《老头醉酒》等小段的广为流传，他的保留节目增添了新的内容。他以老者的神态、语气讲笑话，往往从大家熟悉的生活琐事说起，乍听起来絮叨细碎，茫无头绪，可就在你不知不觉间流水无痕地转入正题了，他仍旧不慌不忙循循善诱峰回路转，直至“包袱”设就，从容“抖”开，让你先怔一下才幡然醒悟忘情失笑，而且越笑越有味道，有时还会依稀咀嚼出一丝哲理来，这就是大师的功力和境界了。
大师的幽默又是不受舞台限制的，晚年的马三立似乎随时随地能够抓出笑料，足迹所到之处信手拈来，得心应口，激起笑声一片。接受采访或出席活动，往往有人要求拍照，当时还没有数码相机，人家刚把照相机举起来，他随意问道：“胶卷是正品吗？”没等对方反应过来，接着要求：“现在骗人的事太多，不行，先打开看看！”拍照者急了：“一打开胶卷不就……”话到半截，他和在场的人就都乐了，原来是个“包袱”。去劳教所向失足少年讲话，走下汽车就有两位女警察从两边搀扶，记者一路追随照相，走着走着，马三立忽然温和地对女警察说：“能不能由一位扶着我？”女警察不解：“马老，您年纪大了，两人扶着走不是更稳当吗！”他显出为难的样子回答：“是，这样是稳当，可你们看这么多记者照相，明天一准见报，群众看见我让俩警察架着往里走，会说马三立这么大年纪还犯案，这不，被警察押着进监狱了！”此话一出，据说扶着他的两位女警察弯下身，半天没直起腰来！
马三立经常在台上说相声时自称“马大学问”，其实生活中的他确实爱读书，到老仍手不释卷，并且兴趣广泛，博闻强记。他早年的名作多是“文段子”，以擅长文哏着称，内容离不开引经据典之乎者也，虽然往往是“歪批”，原文却是货真价实的。他说来流畅自如，一气贯通，断句、语气准确妥帖，和他在古书上下过很深的功夫是分不开的。他读书涉猎的面很广，从古诗文到演义、评话、野史、传奇、志异、“笑林”以至科普读物都读，为了在相声中讥讽算卦迷信，还读了许多相书。他认为相声演员“肚子是杂货铺”，为此他一直忙中偷闲见缝插针勤读不已。
除了读书，他还喜欢看戏。戏曲和曲艺历来不分家，看戏是他的老爱好，结交了许多梨园行的朋友，还能粉墨登场，晚年偶尔在庆典或联欢性的合作戏中“客串”角色，虽然嗓音欠佳，却总能为之增色添彩。他还爱好国画、书法，爱看足球。
马三立的记忆力堪称训练有素，而且到老不衰。他说的段子经常有大段的“贯口活”，文字很长，还要背诵如流、朗朗上口，都是靠早年的苦读强记。他到晚年一直没有放松对记忆力的锻炼，有一件事非常耐人寻味，就是他一直记得胡耀邦同志逝世的日子、时间和中央悼词的部分章节。他说总也忘不了，1989年4月15日早晨7时53分，耀邦同志病逝。悼词中有这么一段话：“他以非凡的胆量和勇气，组织和领导了平反冤假错案、落实干部政策的大量工作……使其他大批蒙受冤屈和迫害的干部、知识分子和人民群众得以平反昭雪、恢复名誉。”这些数字和文字，马三立都一字一句地记住了。按他从“反右”到“文革”所经受的磨难，应是属于“其他”之列。为人民做过好事的人，人民是不会忘记的。年届八旬的老艺术家这份铭记、感念，耀邦同志若泉下有知，也会感到欣慰的吧。
1998年，马三立在中国大戏院参加全市抗洪救灾募捐义演，时年84岁。
这是他最后一次登上这家历史悠久的名剧院舞台。在此前后，他开始越来越明显地感觉到身体和精力的变化了。
民间有一种“三短”的说法：春寒、秋暖、老健。指的是这三个现象都难以持久，春寒料峭，接下来就将转暖入夏；秋日和煦，离凛冽寒冬已然不远；人老犹健，实际上身体机能衰落的步伐一直没有停止，到一定时候还会“加速度”。马三立在纸上写下了：“风前之烛瓦上的霜珍惜声望莫追时尚”。
前两句，像是戏中常用来形容桑榆暮景的唱词，比喻形象而意境苍凉。后面两句则是郑重的自勉，强调老人最后要珍惜和坚守的艺术和人生的准则。
晚年的马三立始终律己甚严，曾经自拟“养心安神十一条不该”和为人处世的“三别、三不、三对、三要”。“十一条不该”中，有“不该办的事情，莫办；不该去的地方，不去；不该用的物品，不买；不该要的礼物，不收……不该得的报酬，不要”，“三不”是“不为名利得失伤脑筋，不羡慕妒忌大款大腕，不在艺术上消极灰心”，“三对”是“对自己的声望，珍惜；对道德品行，端正；对衣食住行，知足。”谁能想到，盛名之下的相声大师，老来给自己立下这么多严格的规矩？放进为各行各业包括党员、干部制定的纪律准则，也是标准不低了吧。正如骥才兄在拙作《马三立别传》序中写的：“……这恰恰是真实可信却鲜为人知的马三立本人。”
马三立晚年，先是住进天津市第一工人疗养院，后转入以他命名的老年公寓，间或也应邀到津郊东丽区“马三立老人园”小住。
2000年，因身体不适住进医院检查，确诊为膀胱癌。
2001年接受第一次手术。术后病情缓解，体力虚弱，把吸了五六十年的香烟戒掉了。住院期间仍然乐观、豁达，笑口常开。术后伤口疼痛，医生说实在太疼就打止疼针，他问是打杜冷丁吗？医生称是，他知道杜冷丁类麻醉药容易上瘾，忍着疼痛不让多打，告诉医生：“少打这样的针，回头病好了出院没回家，从医院直奔戒毒所就麻烦了！”在场医护人员都忍不住笑。
2001年12月8日晚，今晚报等单位联合举办“相声艺术大师马三立从艺80周年暨告别舞台晚会”。那是一个大雪过后的寒冬夜晚，路上还积着厚厚的冰雪，络绎不绝的人群从四面八方涌来。天津市人民体育馆灯火辉煌，票早已售完，门前仍然熙熙攘攘。
晚会由中央电视台着名主持人赵忠祥、倪萍主持，苏文茂、马季、常宝华、姜昆、冯巩、牛群等几代相声名家，歌唱家李光曦、马玉涛、郭颂和曲艺戏曲界众多着名演员助兴出席，可谓群星荟萃。
马三立本人登场了。仍是那身可体的灰色中山装，那副镀金框架的秀郎架眼镜，身材修长，还夹有灰色的银发梳理得一丝不苟，面含微笑，一派儒雅的长者风范。知道内情者会发现他的步子比过去慢些，气息也显得微弱，但一站到舞台上，却仍旧精神矍铄，光彩照人。
依然是过去的老习惯，先向观众作揖示意。待如潮掌声止息下来，大厅里鸦雀无声，人们都静静地等着大师开口，却谁也没想到，那沙哑、温和的嗓音说出的第一句话是：“我叫马三立……”谁不知道他是马三立？但他就是用这种小学生报到式的自报家门，轻轻消除了与几千名观众的距离，也缓和了现场绷得过紧的气氛。然后，他张望一下满台的鲜花和花篮，抬头面向观众，用有些惶恐和腼腆的语气问道：“……我值吗？”这一来就像点燃了火药引信，场内迅即响起了雷鸣般的回应：“值！”
他笑了，观众也笑了。
人们很难察觉他的表演是何时开始的。他还在不慌不忙地和观众聊天，鲜花引起的话题还在延续：“台上摆了这么多鲜花真香啊，省得往后给我买花圈了……真到那天，必须送真花，假的不行啊！”原本是一语双关，观众却顾不上体味另有隐情，随之笑声四起。
马三立似乎有意冲淡晚会的隆重、严肃气氛。相声就是让人们笑的，他要把笑进行到底。于是他娴熟自然地现场抓哏，妙语连珠：“……有的观众点我那段《买猴儿》，说不了了，没气力了，我现在已经成了‘老猴’了！”利用同台演员的名字“现挂”，从来是他的拿手好戏：“倪萍叫我唱一段，我这声音怎么能比得上李光曦呢，李光曦是金钟儿嗓子。他为什么有这么好的嗓子呢，他平时就注意保护，不抽烟，不喝酒，干东西不吃，李光曦，光喝稀的……还有郭颂，我们认识好几年了……他不忌口，葱、姜、蒜什么都吃，山东的火烧也吃，不噎嗓子。我一想对呀，他叫郭颂啊，不管什么吃的，端起锅来就往嘴里送！……”
对赵忠祥，他另有关照。倪萍夸他：“马老今天穿得这么帅，太漂亮了。”他回答长这么大，没人夸自己漂亮。倪萍说现在都在减肥，您这么瘦，所以最漂亮。他说不敢减肥了，没得减了，长这么大，没超过一百斤。然后一指旁边的赵忠祥：“他的袜子能给我改一背心……”
到大家上台表示敬意和祝贺，他仍然不肯让气氛庄严起来，马季神态虔诚地献上自己手书的八个大字“前无古人，后无来者”，马三立含笑称谢，拉起他的手说：“我和马季，还有马玉涛是一家子，都是‘马大哈’的后代。”全场大笑。
他原为让人笑的，他坚持到了最后。
大师走得很平和、很从容，似不再有所牵挂。
马老生前，曾借宋人程颢的诗抒怀：“云淡风轻近午天，傍花随柳过前川，时人不识余心乐，将谓偷闲学少年。”本文就引用诗人的另一首作品《秋月》作为结尾：“清溪流过碧山头，空水澄鲜一色秋，隔断红尘三十里，白云红叶两悠悠。”