院长之争
1940年，蔡元培溘然长逝。
有关第二任院长人选的事宜很快被提上议事日程。
这时的中央研究院还没有后来的院士制度，只有一个评议会作为全国最高学术评审机构，除学术功能外，它还握有推举院长候补人的权力。
评议会以院长为议长，设秘书一人，负责日常事务。评议会的评议员，则由各所所长与学术界知名学者组成。
按既定章程，中央研究院院长产生实行“提名制”，即由评议员投票选出三位候选人，呈报国民政府后由最高决策者从中圈定一人，继任院长。
1940年3月，众评议员从全国各地抵达重庆。
在即将进入正式选举程序前，评议会秘书长翁文灏接到一封蒋介石侍从室二处主任陈布雷给他的信函，内称蒋委员长“盼以顾孟余为中研院院长”。
翁文灏、朱家骅、王世杰与各个所长一知会，当时他们的反应是“颇表愤慨”。傅斯年在震怒中几乎当场发作，只因感到此乃“介公下的条子”，而顾孟余又是前辈学人，才按下怒火。
史语所所长傅斯年是什么脾气？时任《中央日报》主笔的程沧波曾回忆说：“我与孟真（傅斯年字）接触频繁，在中央研究院成立时，当时南京成贤街的中央研究院总办事处，蔡先生常常住在里面，我常去盘桓……孟真也常去吃饭，当时孟真见着人，总是昂起了头，有时仰天嘘几口气，就是在蔡先生旁也依然如此。”
国民党北伐成功后不久，傅斯年几人在蔡元培家中吃饭，乘着酒兴，傅斯年当着蔡元培的面狂呼：“（待）我们国家整好了，不特要灭了日本小鬼，就是西洋鬼子，也要把他赶出苏伊士运河以西，自北冰洋至南冰洋，除印度、波斯、土耳其以外，都要‘郡县之’……”
据李敖说，后来在台湾，蒋介石迎接李宗仁，在松山机场会客室里，满座除了蒋介石，其他人都站着，只有傅斯年叼着烟斗，坐在沙发上跷着二郎腿，跟蒋介石指手画脚地讲话。
傅斯年如此，其他学者也个个不是省油的灯。
身为评议员的学界重量级大腕陈寅恪公开放言：“本人不远千里来重庆，只为了投胡适先生一票。”
1940年3月23日，中央研究院评议会正式进行第二任院长提名选举。结果是：翁文灏、朱家骅均得24票，胡适得20票，李四光6票，王世杰与任鸿隽各4票。
蒋介石举荐的顾孟余仅得一票。
按照选举条例，评议会将得票最多的翁、朱、胡三人名单呈报国民政府审批。
不知是何心情的蒋介石，最后圈定了朱家骅。
但是，蒋介石仅同意他为中央研究院代理院长。
落叶飘零
抗战胜利后，1946年年底，中央研究院迁回南京。
两年后，辽沈战役已经打响，炮火纷飞中，中央研究院进行了第一届院士选举。
《胡适日记》和“傅斯年档案”资料对这次选举有详细记录，院士的选举工作分数理、生物、人文三个组进行，而商讨活动也是在评议会范围内进行的。
评选过程，先由物理学家萨本栋与历史学家傅斯年各提出一个选举草案，供评议员讨论，隔天之后，又开第二次会议，讨论傅斯年所拟的第二草案，并由评议员来提出本学科院士候选人名单。
最终，胡适和傅斯年各拟定了一份名单。
有趣的是，胡适的名单上没有自己，而傅斯年则大大咧咧写上自己的名字。
到了冬天，院士名单最终拟定完毕。
第一任院士共有81名，最长者为83岁的吴稚晖，最年轻的是37岁的陈省身。
台湾历史语言研究所的考古学家石璋如后来回忆：“当时在研究院办了很热闹的庆祝活动。上午开会，晚上就请吃饭，从总办事处到地质研究所前头的空旷处，桌子一路排开，放上酒跟点心，夜里灯火通明，称作游园会。刚开始的时候人很多，爱去哪桌吃、喝酒都可以，可是天气不巧，打了响雷下起了阵雨，大家就集中到总办事处的演讲大厅去了。”
这次选举刚结束，朱家骅就奉命动员中研院各所人员全部迁台，但大多数人员不愿随迁。
1949年初，已被蒋介石派专机由北平接到南京的胡适与傅斯年一起度年岁，两人相对凄然，一边饮酒，一边背诵陶渊明的《拟古》诗。
最后一句为：本不植高原，今日复何悔！
吟罢，两人均潸然泪下。
据统计，当时迁至台湾的仅有凌鸿勋、林可胜、傅斯年、董作宾、李济、王世杰、吴稚晖7人，在国外的有陈省身、李书华、赵元任、汪敬熙、胡适、吴大猷等12人，其余50余人（萨本栋等人去世）均留在了大陆。
1949年4月23日，南京解放。
第二天，第三野战军司令员陈毅身着灰布军服，带一位警卫员，来到中央研究院社会研究所办公楼看望坚持留下的陶孟和。
陶孟和并不认识陈毅，穿一身长袍，以普通访客之礼相待，两人互道姓名后，相谈甚欢。
自此，大师云集的中央研究院就此落幕。