1949年，沈从文给远在香港的表侄、画家黄永玉写信：“北京傅作义部已成瓮中之鳖。长安街大树均已锯去以利飞机起落。城，三四日可下，根据过往恩怨，我准备含笑上绞架……”黄永玉只觉得从文表叔夸张而幼稚。没多久，解放军真的进城，沈从文忙不迭夸他们“威严而和气”，劝黄永玉赶紧回来，“参加这一人类历史未有过之值得为之献身工作”。这种矛盾几乎贯穿沈从文的后半生，他在时局的长河中顺流而下，自有逆流反抗的直觉，却又不断否定自己的直觉。
妻子热烈地献身于新中国建设，连读初中的儿子都疑惑他为什么“老不进步”，觉得他“到博物馆弄古董，有什么意思”，家人爱他，却不理解他，沈从文只好从肖邦和贝多芬那里寻找慰藉。他深夜写作，第二天又全部扔掉，既因恐惧，也因自卑。他当然不再是过去那个乡下人，连标点符号都不会用却觉得自己会超过契诃夫，但他也没有成为另外一个人，他留在了不能被改造的自我里，微弱地抗拒，微弱地挣扎。
《沈从文的后半生：1948—1988》中记录了他在位于北京郊外的华北人民革命大学改造时的一段话：“天已接近黄昏，天云如焚如烧，十分美观。我如同浮在这种笑语呼声中，一切如三十年前在军营中光景。生命封锁在躯壳里，一切隔离着，生命的火在沉默里燃烧，慢慢熄灭。搁下笔来快有两年了，在手中已完全失去意义。国家新生，个人如此萎悴，很离奇。”1952年沈从文去四川内江参加土改，在信里给儿子描述当时批斗地主的情形：“实在是历史奇观。人人都若有一种不可解的力量在支配，进行时代所排定的程序……工作完毕，各自散去时，也大都沉默无声，依然在山道上成一道长长的行列，逐渐消失到丘陵竹树间。”沈从文自己其实也是如此，被不可解的力量支配着进行时代所排定的程序，与当时的大部分人尚处于政治昏睡状态不同的是，他捕捉到了这一点。多年前沈从文就在《从文自传》里写过，自己不想明白道理，却永远为现象倾心，他的文字准确描述了政治风暴之中众人的茫然麻木，却全无判断，因他本就糊涂，不知如何判断。现在看起来，他的这些零碎文字成为那个时代的脚注，不重要，但有总是比没有更好。
在我看来，1949年之后，中国大陆并没有第二个和沈从文一样有着剧烈自我冲突的知识分子。1961年他在井冈山住了3个月，雄心勃勃要写一部关于共产党员的长篇小说，但是什么都写不出来，灰溜溜下了山。1949年后他写过一个短篇小说叫《老同志》，写一个劳动模范炊事员。沈从文改了七稿，最后的结尾是“在任何地方……都有老同志一样的劳动人民，在无私无我地为建设国家而努力”，如果抹去作者姓名，这可能是当时任何一个作家的作品。当被限定为必须为“人民”写作的时候，沈从文丧失了他那迷人的文字天赋。
1956年沈从文在写给大哥的信里说：“写小说算是全失败了，不容许妄想再抬头。近来文物工作也搞得不好，如又弄错，还不知道换什么工作会对国家有用一些。”他无比积极热心地要为国家做点贡献，但在那一年的局势之下，他的“贡献”却是忙着给《红楼梦》写了几百条注释，倾心于研究诸如妙玉的茶具之类可能“国家”和“人民”都会觉得可笑的问题。《沈从文的后半生：1948—1988》中记录，当时历史博物馆的副馆长说他“终日玩花花朵朵，只是个人爱好，一天不知道干些什么事”。沈从文在历史博物馆待了二十几年，最后要调入社科院，馆长的意思是要走就走，无人留他。他的单位就像国家的缩小版，其实并不需要他。但沈从文的特别之处在于，在总是遭遇这些屈辱的下半生里，他活得并不屈辱，他在花花朵朵坛坛罐罐里获得了另外的自由和荣誉。每个人的生命中，都会有一点任何时代与国家都夺不走的光，沈从文抓住了它，这支撑着他活了下来，活到可能获得诺贝尔文学奖的80年代。
瑞典汉学家马悦然曾经公开说过，1987年沈从文进入了诺奖评选的最后名单，但那一年获奖的人是诗人约瑟夫·布罗茨基。布罗茨基做了一个名为《美学高于伦理》的受奖演说：“个人的美学经验愈丰富，他的趣味愈坚定，他的道德选择就愈准确，他就愈自由——尽管他有可能愈不幸。”沈从文没有说过这样的话，但这也如同他的人生。早在上个世纪30年代蔡元培提出“以美育代替宗教”的口号时，沈从文就为这条口号加上附款：“也要代替政治”。他喜欢的那些词语，是美感、博爱、道德、自由与和平。沈从文和布罗茨基一样，并不愿意展示自己的苦难。在布罗茨基流亡美国后，他从来不提及苏联以“社会寄生虫”的罪名对他进行指控，判处他去俄罗斯北方劳改的经历，他还在课堂上建议自己的学生要不惜一切代价避免赋予自己受害者的地位。沈从文并不这样清晰地论证道理，但他总有一种直觉，在1980年访美的三个半月里，他做了23场讲座，明知听众更希望听到他个人的经历，那些关于苦难的证词，但他的讲座依然一半关于文学，一半关于文物，通通关于美。这才是沈从文的灵魂所在，和它们比起来，苦难并非那样重要。
1957年5月1日，沈从文在上海，他画了一幅速写《六点钟所见》，画旁写着：“艒艒船还在作梦，在大海中飘动。原来是红旗的海，歌声的海，锣鼓的海。（总而言之不醒）”在众生沉迷于一些大而化之的概念之时，沈从文选择沉浸在自己的小小世界里。他总而言之不醒，这就是沈从文的后半生。