新疆，以天山为界，历史上北疆以游牧为主，而南疆则以农耕为主。新疆之南疆（天山南路），史称回部，即《汉书》所谓“城郭三十六国”，在唐以前盛行佛教，而伊斯兰教的传播，萌芽于隋唐，大盛于元之后。不过，自元代以来，新疆的统治者是北疆的厄鲁特蒙古，而信仰伊斯兰教、农耕的南疆回部，则长期被信仰佛教、游牧的北疆准噶尔部所统治。
因此，康熙平定噶尔丹，特别是乾隆平定阿穆尔撒纳，这对于南疆的回部来说，等于替他们打倒了长期的压迫者和统治者，这对南疆回部来说是一次大解放。自此之后，长期以来天山南北之间存在的宗教对立、民族对立，一举得到扫除，天山南北，佛教与伊斯兰教，走向了平等，而这是新疆从此走向“安定团结”的主要原因。
清道光六年夏六月，南疆再次发生张格尔叛乱，而对于南疆重新陷入动乱的原因，魏源认为，问题的核心就在于：康、乾以来的边疆官员路线遭到破坏，中央政府的官员选拔制度出了大问题。
魏源的这一论述极其发人深省，他在《圣武记·道光重定回疆记》中说：
回疆自乾隆二十年勘定后，各城设办事领队大臣（中央政府派出官员），而统于喀什葛尔参赞大臣（南疆最高行政长官），并受北路伊犁将军（全疆军事首长）节制。岁征钱粮土贡，数十分取一（惠民生），朝廷常慎选边臣，皆保举之满员与左迁之大吏，回户赖其休息，仰朝廷如天人。
及其久也，保举渐弛，多用侍卫及口外驻防，视换防为利薮，以瓜期为传舍，与所属司员章京服食日用无不取于阿奇木伯克。伯克借供官之名，敛派回户，日增月甚。又土产毡裘、金玉、缎布赋外之赋，需索称是，皆章京、伯克分肥，而以十之二奉办事大臣。各城大臣不相统属，又距伊犁将军鹜远，恃无稽查，威福自出。而口外驻防笔帖式更习情形，工搜刮，甚至广渔回女，更番入直，奴使兽畜，而回民始怨矣。
从魏源的论述来看，曾经“安定团结”的新疆，当时为什么会重新出现民族矛盾乃至发生社会动乱？原因当然是多方面的：既有外部敌对势力的挑唆；也有清政府民族政策上的偏颇；更有经济发展的不平衡，造成了新的阶级关系和阶级矛盾。但是，其中最不容忽视的一点，就在于边疆官员选拔标准、选拔制度出现了问题，这必然导致长期行之有效的政策遭到破坏，进而造成“官民对立”严重局面。
从这个角度说，边疆发生的问题从来就不是孤立的，因为它不过是内地、全国问题的一个缩影。由此更可见，官民关系如何，对于内地重要，对于边疆就更为重要。
《圣武记》中有这样两句话，讲了非常朴素的道理。第一句是：“治国先治吏。”第二句是：“治国必治疆。”与这两句话随之而来的就是：“不能为边才，则不能为大吏。”康、乾以来的所谓“慎选边才”、所谓“保举制”，其实就是把全国的模范干部、标兵式的人物，派到边疆去任职，这一政策，更造成了一种风气，那就是“任职边疆光荣，只有光荣者才能任职边疆”。把最好的官员选派到边疆，这才是真正的“把中央政府的温暖送到边疆”，而如此一来，广大边疆百姓，则自然仰视中央政府派来的官员“如见天人”。
但是，嘉庆以来的政策却恰恰相反，即把那些在内地表现很差、无望提拔和晋升的官吏，派到边疆充数，以此作为对其长期不能得到提拔的补偿。这些既无能力、人品又很差，甚至连知识都很缺乏的粗人，本来就心怀怨气，于是，他们到边疆任职的所作所为，自然就是可以想象的，而这无非就是魏源所指出的：“恃无稽查，威福自出。而口外驻防笔帖式更习情形，工搜刮，甚至广渔回女，更番入直，奴使兽畜，而回民始怨矣。”
毛泽东曾经说：政治路线确定之后，干部是决定性因素。其实，对于治理而言，干部从来就是决定性因素。“吏不良，有法而莫能守”，选拔干部的标准败坏了，即使有再好的政治路线，也只能停留在纸面上。魏源关于治疆的论述，讲的虽然是清朝的事情，但对今天也不无启发。唯有坚持正确的干部路线，真正践行群众路线，才能改善边疆治理，破除官虐民怨，达致“万方乐奏有于阗”之相。