历史上，叔孙通是个饱受争议的人物，原因就在于他的善变。
叔孙通曾在秦二世朝中为官，陈胜起义，二世召人议论此事。大家都说是造反，秦二世一听就发了火，脸都变了色。这时叔孙通走上前去说：“当今有贤明的君主君临天下，给下面制定了完备的法令，使人人遵法守职，四方八面都归附朝廷，哪有敢造反的！这只是一伙盗贼行窃罢了，何足挂齿。郡官们正在搜捕他们治罪论处，不值得忧患。”秦二世这才转怒为喜。事后儒生中凡说是造反的都交给官吏治罪，凡是说是盗贼的都免掉职务，唯独赐给叔孙通二十匹帛，并授给他博士职位。叔孙通的所为引起了儒生们的愤怒，纷纷骂他“阿二世”，叔孙通面对责问，只是说：“各位不知道啊，我几乎逃不出虎口！”此后他便匆匆逃出都城，投靠了项梁，后又先后跟随过楚怀王熊心、西楚霸王项羽，最后投降了汉王刘邦。
到了西汉，叔孙通却像变了一个人。前195年，汉高帝刘邦因为宠爱戚夫人，打算让与其所生的儿子刘如意代替太子。时任太子太傅的叔孙通听说此事，立刻劝谏道：“从前远有晋献公、近有秦始皇都因为废立太子不当而致天下大乱，自取灭亡。现在太子仁义忠孝，是天下人都知道的；吕后与陛下患难与共，怎么可以背弃她呢？”说到激动处，他竟以头抢地：“陛下一定要废掉嫡长子而扶立小儿子，我宁愿先受一死，让我的一腔鲜血染红大地。”刘邦见此情形，退让说：“您算了吧，我只不过是随便说说罢了。”叔孙通却不依不饶：“太子是天下的根基，根一动摇，天下就会震荡起来，怎么能拿天下的根基之事作为戏言来说呢？”刘邦没办法，只得正色回答说：“我听从您的意见。”
面对善变的质疑，叔孙通笑着回应说：“你们真是鄙陋的儒生啊，一点也不懂时世的变化。”
司马迁在《史记》中称赞叔孙通说：“大直若诎，道固委蛇，盖谓是也。”意思是说，最正直的人外表反似委曲随和，事理本来就是曲折向前的。在坚硬的社会现实面前，有时候转个弯，会更好地抵达目的地。