对于维新变法，光绪帝万万没有想到的是，自己的圣旨不但大臣们不听，连康有为也不听。
“这真是个彻头彻尾的书生啊！”光绪在皇宫里感叹。
老康这样的举动要是放在平时，绝对是可以杀头的大罪，抗旨不遵嘛，杀了你一点脾气都没有。但是对于这种书生式的举动，光绪也懒得再去计较了。
光绪要把他的大部分精力用来对付那些大臣。在下旨令康有为离京后，光绪希望大臣们能有所反应，把他之前交代的事给认真办一办。
结果再一次令光绪失望了。高官们紧密团结，高度默契，集体沉默，无声反击。这种状况其实也是在意料之中，他们都是之前慈禧提拔起来的，当官当得好好的，银子有，豪宅也有，为什么要改？
好吧，既然你们这些大臣没有反应，那我就去找你们的下属。光绪再一次下圣旨，将讨论范围扩大到中层和基层官员，命令大小臣子各抒己见，各部院的基层官员有上奏的，由各部部长（堂官）代奏，普通读书人和老百姓有上书的，可以到都察院呈递。光绪严格规定：无论是官还是民的上奏，必须直达御案，各级机构不得有任何阻挠（毋得拘牵忌讳，稍有阻格）。
可是，光绪等了等，仍然没有什么反应。
于是，光绪只好再一次下旨，这一次他以情动人，声明变法是“不得已”之苦衷，为了朝廷，为了国家，希望诸位大臣体谅和理解。然而光绪又一次失望了。大臣们看来是要反抗到底了，甚至连个折中的方案都没有提出。
光绪终于遇到了变法以来的最大难题。他曾以为最大的难题是没有帮手，成为真正的“孤家寡人”，现在看来，没有帮手正是因为有一个怪物在从头到尾跟他作对，准确地说来是一个组织，一个强大的组织。
所有人都无法感觉到这个组织的存在，它从来没有什么明确的组织架构，也没有具体的组织纲领，更没有清晰的标签，但一旦“有变”（有损其利益），它的成员又能通过利益纽带迅速联接，心照不宣地统一行动，相互呼应，堪称最神奇的组织。这就是官僚集团。在王朝的统治过程中，它悄无声息地形成了，不动声色地壮大了，成为庞大的既得利益集团。统治者对它的态度是既恨又爱，恨它把持着利益，官员们贪污腐化，捞银子不作为，长此以往损害着朝廷的长治久安；而另一方面，又离不开他们，专制统治，不是皇帝一个人的专制，而是整个体制的专制，专制王朝之所以能维持专制，也是因为有官僚集团啊。
光绪终于失去耐心了。他终于明白，这场变法虽然得到了慈禧的首肯，得到了朝野上下的“一致同意”，形成了“广泛共识”，但这种共识是脆弱的，只能停留在口头上。大小官员都希望去变别人，不希望来变自己，掌握某种利益的利益集团也只希望自己的利益蛋糕不要被割去，一旦情况不对，什么无声反抗，什么阳奉阴违，什么上有政策下有对策，这都是他们的办法。光绪原本希望通过官僚系统里的“群众运动”来收回自己的权力，建立自己的权威，扩大变法阵营，推进变法大业，但经过一再地试探之后，这个如意算盘落空了。
那么，这顺序是不是该对调一下？只有先运用权威，才能发动官员和群众，推动变法？——因为你本来就是皇上啊，必须拿出杀手锏！
朝廷最重要也最有权的三位总督——直隶、两江和两广总督全部撞到枪口上。光绪下旨对他们一顿大骂（严加斥责）。第二天，光绪再一次下旨，这一次除了继续骂，还要求各地方督抚对交代的事情，每日请示汇报（以前交办各事，必须迅速奏议；以后交办各事，必须依限赶办，并每日请示汇报）。但大臣们仍然把光绪的命令当成了耳边风，不见棺材不掉泪。